Βόλεϊ ανδρών

Είναι το τμήμα που μπόρεσε να αγωνιστεί στην πρώτη κατηγορία (Α1) για 3 χρόνια. Συγκεκριμένα, εξασφάλισε την άνοδο του την σεζόν 1989-90, γνωρίζοντας τον υποβιβασμό την επόμενη σεζόν. Η ΑΕ Κομοτηνής επέστρεψε όμως δριμύτερη στην Α1 την σεζόν 1996-97, όταν μάλιστα αναδείχθηκε και πρωταθλήτρια στην Α2. Στην Α1 αγωνίστηκε δύο σεζόν και αφού υποβιβάστηκε, σταδιακά άρχισε  η πτώση, που οδήγησε την ομάδα στις τοπικές κατηγορίες.  Την σεζόν 2006/07 εξασφάλισε την άνοδο στην Β΄ Εθνική , κατακτώντας το τοπικό πρωτάθλημα, χωρίς ωστόσο να καταφέρει την επιθυμητή πορεία την ερχόμενη σεζόν, όπου και υποβιβάστηκε.

Η ΑΕ Κομοτηνής στην Α2

Την σεζόν 2012/13 η ΑΕ Κομοτηνής αγωνίστηκε στο περιφερειακό πρωτάθλημα βόλεϊ Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης, όπου τερμάτισε Τρίτη πίσω από τον ΑΟ Σερρών και τον Έβρο Σουφλίου, καταφέρνοντας όμως να βάλει τις βάσεις για την ερχόμενη σεζόν. Η προσπάθεια όλων και κυρίως του προπονητή Τρύφωνα Εξάρχου και του εφόρου Τάσου Πετρίδη «εξαργυρώθηκαν» την σεζόν 2013/14, όταν και η ομάδα κατέκτησε την πρώτη θέση στον όμιλο και επικράτησε στα μπαράζ ανόδου του Κύδωνα Χανίων με 3-1 σετ, παίρνοντας την πολυπόθητη άνοδο στην Α2!

Προπονητής της ομάδας είναι ο Παναγιώτης Τσιακμάκης, ο οποίος διαδέχθηκε τον Τρύφωνα Εξάρχου!Έφορος του ανδρικού τμήματος είναι ο Αναστάσιος Πετρίδης.

Η παρουσία της ΑΕ Κομοτηνής στην Α1

Την σεζόν 1997/98 η ΑΕ Κομοτηνής επέστρεψε ως πρωταθλήτρια στην Α1, εξασφαλίζοντας την παραμονή στην κατηγορία στο νήμα. Τερμάτισε 10η πάνω από Εθνικό Αλεξανδρούπολης και Πανελλήνιο, έχοντας συνολικά 4 νίκες και 16 ήττες! Την επόμενη σεζόν όμως ήρθε το «πλήρωμα του χρόνου» και υποβιβάστηκε, τερματίζοντας στη 12η θέση! Highlight εκείνης της χρονιάς ήταν η νίκη επί του Παναθηναϊκού στην πρεμιέρα με 3-2, μία νίκη που διαδέχθηκαν μόνο ήττες στη συνέχεια!